Управление учреждением осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным исполнительным органом учреждения является заведующий учреждения.
В Учреждении действуют коллегиальные органы управления:
Филиалов и структурных подразделений в МБДОУ "ДЕТСКИЙ САД № 46 комбинированного вида" - нет.